Pokud nejsou zabezpečeny klíče pro kryptografické funkce, nepomůže ani nejdokonalejší šifrování. Toho si jsou výrobci polovodičů vědomi, a proto se zabývají ochranou klíčů a dalších důvěrných dat prostřednictvím různých mechanismů zabudovaných přímo do specializovaných bezpečnostních integrovaných obvodů a procesorů.

Kybernetická bezpečnost zůstává univerzálním problémem při navrhování a zavádění jakéhokoli systému připojeného k veřejnému internetu. V internetu věcí (IoT) je bezpečnost obzvláště důležitá, jelikož roste počet aplikací pro inteligentní domácnosti, inteligentní továrny nebo inteligentní města.

Embeded systém se neobejde bez bezpečnostních prvků, které jsou většinou implementovány přímo do mikrokontroleru výrobcem. Studie z ABI Research uvádí, že méně než 4% zařízení internetu věcí, které se prodali v loňském roce, obsahovali bezpečnostní funkce. Dále odhaduje, že v roce 2020 bude téměř 25% ze všech kybernetických útoků zaměřeno na zařízení internetu věcí. Takže bezpečnost MCU je nutné řešit, co nejdříve.

I když open source hardware i software představuje rychle dostupný polotovar pro vývoj, jeho použití může přinést více problémů než užitku. U embedded systémů, kde se počítá každý bit a spotřebovaný mA, jde o hodně.