Vytvořit bezpečnou aplikaci pro mikrokontrolér, který má přístup na internet může být obtížné. Zabezpečení začíná na hardwarové úrovni a pokračuje ve vestavěném software. Pro zabezpečení celého systému je důležitá správná volba architektury. Existují i hotové aplikační moduly, které jsou integrovány přímo do mikrokontroléru.